La maîtrise et le doctorat ès sciences appliquées permettent à la personne étudiante d'acquérir une formation avancée en ingénierie qui débouche à la fois sur une carrière dans l'industrie, en recherche, dans l'enseignement universitaire et au sein des gouvernements. Les programmes de maîtrise et de doctorat sont actuellement offerts dans les domaines d'expertises du génie mécanique suivants:

• Mécanique des fluides et CFD
• Systèmes thermiques
• CAO/FAO et robotique
• Matériaux composites
• Contrôle non destructif
• Asservissement et mécatronique

La Faculté des études supérieures et de la recherche de l'Université de Moncton offre des bourses aux personnes étudiantes inscrites au deuxième cycle. À celles-ci s'ajoutent les bourses octroyées par les fonds personnels de recherche des membres du corps professoral.

Un financement est aussi possible par l'entremise du CRSNG et de l'entreprise privée.