L'APAPUM s'est affilié à la Fédération du personnel des universités et de la recherche (FPPU) en 2003.
La Fédération représente plus de 1600 membres, tous des professionnels oeuvrant au Québec et en Acadie, au sein des universités, que ce soit en matière d'encadrement et de support pédagogique, de gestion administrative ou dans le développement de la recherche. Ils travaillent dans des centres et des organismes en lien avec le milieu universitaire et la recherche couvrant ainsi plusieurs domaines, dont ceux de la santé, des sciences sociales, des sciences de la vie, des technologies, etc. La FPPU est la seule organisation syndicale à représenter exclusivement du personnel professionnel.
Grâce à cette affiliation, l'APAPUM bénéficie d'un ensemble de services indispensables pour l'aider à maintenir une vie associative de qualité qui répond aux besoins de ses membres. Que ce soit par la formation, l'expertise et les conseils juridiques ou encore l'application de notre convention collective. Des membres du conseil d'administration sont convoqués à trois réunions annuelles du conseil fédéral et au congrès qui se déroulent tous les trois ans.