L'Université de Moncton a été créée en 1963, mais ce n'est qu'en 1967 que l'on a commencé à organiser les disciplines en départements. Le département d'histoire et de géographie est en place en 1967-68 avec trois professeurs d'histoire et deux de géographie. Une Commission de planification académique, dans un rapport remis en 1971, considère que l'histoire devrait être une priorité de l'Université de Moncton et recommande la création d'un département distinct d'histoire et l'augmentation du nombre de professeurs. Elle préconise également la création de programmes de spécialisation, de majeure, de mineure en histoire. Ces programmes seront mis en place pendant l'année 1973-74. Dans l'intervalle, les effectifs du département en ce qui concerne l'histoire avaient été portés à 7 professeurs, dont un spécialiste de l'antiquité gréco-romaine et un de l'Asie orientale, ce qui a permis au département d'offrir un éventail de cours étonnamment diversifiés malgré une équipe limitée.
La maîtrise en histoire, elle, est offerte depuis l'année 1967-68. Parce qu'elle accueillait des étudiants qui n'avaient qu'une formation très légère en histoire au niveau du baccalauréat, elle comportait 50 crédits de scolarité répartis sur deux ans. Un programme plus conventionnel de maîtrise comportant douze crédits de scolarité a pu être implanté en 1974-75 suite à la création du baccalauréat avec spécialisation en histoire. Les programmes actuels mettant davantage d'accent sur la formation méthodologique et les approches thématiques, aussi bien au premier qu'au deuxième cycle, datent des réformes du milieu des années 1990.
Le programme de majeure en géographie fut créé en même temps que celui d'histoire, en 1973-74, mais la spécialisation n'est offerte que depuis 1992. Le nombre de professeurs en géographie a oscillé entre trois et quatre jusqu'à la création de la spécialisation, alors qu'il a été stabilisé à quatre. Pour assurer à chacune des deux disciplines plus de visibilité, la direction du département était assurée alternativement par un géographe et un historien.
Le département bénéficie, depuis les années 1960, de la présence sur le campus du Centre d'études acadiennes dont les collections de documents et d'archives, uniques en ce qui concerne l'Acadie, offrent aux étudiants et aux professeurs une grande partie des sources dont ils ont besoin pour leur recherche.
Le département bénéficie également de liens privilégiés avec l'Institut canadien de recherche sur le développement régional situé sur le campus depuis 1983. Il dispose aussi depuis quelques années d'un laboratoire de géographie physique et d'un laboratoire de cartographie informatisée.